Az első orosz cár, aki nem a Rurik családból származott, Borisz Godunov 53 éves korában, 1605. április 13-án hunyt el. Halálát titkok borítják, és a mai napig a történészek azon vitatkoznak, hogy halála természetes vagy erőszakos volt-e.
A krónikák dokumentumai azt mutatják, hogy halála napján Godunov egészségesnek tűnt, nagy étvággyal evett és felmászott a toronyba, ahonnan szeretett Moszkvát felmérni. Aztán rosszul érezte magát tőle. A cárhoz idézett orvos nem tehetett semmit, a cár vérzett a fülétől és az orrától, hamarosan Godunov eltűnt.
Ahogy Thomas Smith angol nagykövet egyik képviselője, aki abban a pillanatban tartózkodott az orosz autokrata udvarán, a cár úgy érezte, hogy az émelygés és a gyomorfájdalom mellett az orvos megérkezése előtt meghalt.
Borisz Godunov hirtelen halála, gyomorfájdalmak adnak gyanút a cár megmérgezésére. Halála elsősorban az I. Hamis Dmitrij híveinek volt előnyös, akinek csapatai akkoriban Moszkva felé közeledtek.
Az emberek körében az a szóbeszéd is elterjedt, hogy magát a cárt megmérgezték a kétségbeesés rohama, amelyet népi népszerűtlensége, az országban éhezés és a lengyelek általi megszállása okozott.
Ismerve Borisz indulatát, jellemét, a legfőbb hatalom iránti vágyat, amelyre bármire készen állt (Rossz Iván megmérgezésével, IV. Iván fia, Dmitrij Tsarevics meggyilkolásával vádolták), és amelyet elért, de Oroszország tényleges uralkodója Fedor Ivanovics vezetésével kétségbe vonhatja Godunov öngyilkosságának változatát. Az orosz nép - véleménye a cárról - nagy valószínűséggel közömbös volt az autokrata iránt. A lengyelek előretörése országszerte sem tudta megijeszteni a cárt, mert az orosz történelemben voltak még rosszabb idők, emlékezzünk például a mongol-tatárok Oroszországba való inváziójára.
Nem szabad megfeledkezni arról, hogy Godunov az utóbbi időben gyakran beteg volt, és halála az autokrata hosszú betegségének következménye lehetett.
