A harmadik film, a Men in Black a híres amerikai vígjáték folytatása. Főszereplők: Tommy Lee Jones és Will Smith. A rendezőt ismét Barry Sonnenfeld vette át, Steven Spielberg mögött ügyvezető producer. A film 2012. május 23-án kezdődött a mozikban.
A negatív hős szerepét ezúttal Jemaine Clement tölti be, ő Borisst alakítja. Ez a bűnöző, aki megszökött a Hold börtönéből. Gyűlölet ég Kay ügynök iránt, aki 1969 júliusában elkapta a tettest és kar nélkül hagyta. Amikor Kay hirtelen megtudja, hogy Borisz elmenekült, nagy sajnálatát fejezi ki, hogy letartóztatása során nem ölte meg. Ezt követően az ügynök egyszerűen eltűnik, és csak Jay társa emlékszik rá, hogy létezett. A fekete személyzet többi tagja azt gondolja, hogy Kay 1969-ben egy bűnözővel konfrontálódva halt meg.
A valóság ilyen megfordulásának egyetlen magyarázata a múlt változása. Jay és O ügynök úgy dönt, hogy Boris érintett. Ezt megerősíti egy másik kozmikus léptékű esemény - a Boris faj általi invázió a Földre. Az előbbi valóságban ez lehetetlen volt, mivel Kay védőeszközt telepített a bolygón "ArkNet" néven. Az ügynök több évtizeddel ezelőtti halálával kapcsolatban a Földnek nem volt akadálya az űrellenségek előtt.
Jay rájön, hogy Boris-t Jeffrey Price, egy elektronikai kereskedő küldte a múltba, akinek az illegális időeltolódás volt az arzenáljában. Az ügynöknek nincs más választása, mint visszamenni az időben, hogy megmentse párját. És a fiatal Kay azonnal letartóztatja. A kihallgatás során Jay mindent elmond neki, és a leendő partner hisz benne. Együtt megtalálják az Arkkan Griffint, akinek az ArkNet van. Most hárman folytatják útjukat, és elindultak, hogy védelmet szerezzenek a Holdon. De egy rakétán az ezredes letartóztatja őket. Most ő lesz Jay titkos őrzője.
Ettől a pillanattól kezdve az események gyorsan fejlődnek. A hősök két Borissal találkoznak, és harc kezdődik. A jövőből származó bűnözőt bedobják a rakéta aknába, és a fiatal Borist utána küldik. A Föld védelme létrejött. És most úgy tűnik, Jay küldetése befejeződött, de megjelenik egy fiatal bűnöző, aki csodálatos módon túléli. Az ezredes meghal, de Boris is megsemmisül. És most egy új karakter jelenik meg a filmben. Egy fiú kiszáll az ezredes autójából és elkezdi keresni az apját. Az ügynök felismeri önmagát. Jay visszatér a maga idejébe és találkozik Kay-vel a kávézóban. Minden visszatért.
